年末まで６週間

　あと10日で11月が終わります…。

　このブログを読み返しても、1月2月の記事は、ついこの間のことを書いているような気がするのに、あっという間に年末が射程範囲内です。

　この分だと、あっという間に年度末が目にはいりますね。カレンダーを見ては、ひやりとするこのごろ。

　さて、ウイルスゲノム。

　次世代シークエンス技術を持ってしても、一気に1本につながった結果を得ることはできませんでしたので、何本かに分かれたゲノムの断片をつなぎ合わせるパズルを解いています。

　長いExtensionが必要なPCRを毎晩かけて、朝になったら、出来上がった産物を電気泳動。これまでの実験で明らかになった断片配列同士をつなぎ合わせる部分を増幅して、サンガー法で配列を読もうというわけです。

　遺伝子のクローニングはこれまで数多く手がけてきましたが、ここまで大きいものをつなぐという作業は初めて。きれいにつながって行く経過が、単純に愉しいものです。

……なんていっていられたのは、実は半分つなげるまで。
半分はさくっとつながり、さて、後半分をつなげようとして、ううむ。うまく行かない…。
ショートリードをアセンブルして得た『ドラフトもドラフト』な情報に基づいているので、もちろん間違いだって含まれていておかしくはない。というわけで、後半を終わらせるには、つながっていない断片の配列、ことに両端近くの配列を疑ってかからないといけないようです。

それにしても、最近、プライマーの合成が早くなりましたね。
朝早くに注文すると、うまく行けば翌日夕方までには届いたりします。
実験が進まない言い訳がどんどん少なくなる…とはいえ、今みたいに試行錯誤を繰り返すような実験では、使いたいと思ったらさっと届くのはやはり助かりますね。

　試行錯誤に頭を悩ませる最中ではありますが、途中までつながったものを、幾つか簡単な方法で解析して、どんな遺伝子が乗っているかを調べてみると、信頼性が高い情報が得られている手応えがあって、ウレシイ。
　はやく全長の解析を終わらせたいものです。