目から鱗が2枚…

　ウイルスの遺伝子が読めて、ヘテロシグマの遺伝子の一部の情報も得られたところで、遺伝子発現解析中。
　96 穴プレートを使ってたくさんqPCRをしなければなりません。

　実験の手間がかかる上に、消耗品も結構使う。というわけでケチケチ作戦なわけですが。

　実験していると、どんなに注意して分注しても、どうしても液体が96 穴プレートの中ではねあがったり器壁についたりします。遠心して落としたい。
　でも、この遠心機、結構するんですよね。低速なものなのに、7~8万円する。
　エタ沈にも使えるような高速で回せるものだと当然もっとお高い訳ですが。
　…う〜ん。高いものを買う方が、使い回しが聞いておトクではありますが、今の所は必要なし。安い方は、しかし、これしか使えないうえに、作りがイージーといいましょうか、まわしていてもガタガタしそうなものが多いんですよね。上からがしっと手で押さえつけたくなってしまう感じ。
　そのガタガタに7~8万円か…。

　何となく納得いかない思いを抱えながらネット検索していると、『手作りのプレート遠心機』という言葉がでてきました。
　え？ほんと？手作りって・・・・？

　半信半疑で見てみたところ、

　なんと!!こんな手があったとは!!!

　サラダスピナーを使うって…。確かに、あれ、よく回りますものね。膝を打って感動しました！

　実際使ってみると、本当に細かい水滴はやはり落としきれませんが、しばらくこれでやってみようと思います。
　
　というテクニカルなヒントを超えて、このブログの筆者さん、本当に実験がお好きなんだな…と、ちょっと感動しました。

 　そうだよね、そうだよね、大なり小なり予算が限られているのは誰しも同じ。
　出来ることを出来る範囲でやっていくしかないし、やりたいことは、知恵を絞ってやるしか無い。で、その気になれば案外手があることもあるのよね。

このブログ、スゴイ。これからちょくちょくの覗かせていただこうと思います。

　という一方で、もう一つ、地味に驚いたこと。

　これは、共同研究者が過去に取り組んだ話なのですが。

　注意深くピペッティングすると、システマティックに測定誤差が減らせるという話。
　具体的には、実際に試薬をピペットで計りとる前に、その試薬を数回すってディスペンスして…を繰り返して、その後に実際の実験のための操作に移ると、測定誤差がかなり減らせるとのこと。チップの内壁を用いる溶液でコーティングしてやったあとで、その溶液を計りとる、という操作が、ピペッティングの正確性を上げるために有効なのですね。
　『サラダスピナーで遠心機』の真逆を行く、自動分注機を使う際の注意点ですが、当然ながら、人力ピペッティングにも有効なはず。何度もピペッティングするのは面倒ですが、しばらく丁寧な操作を心がけてみようと思います。
　

倉敷ぐらし

　珍しくラボから離れて、倉敷の紹介をしてみます。

　とはいえ、観光地として知られておりますので、その手の情報はこちらをごらんください。

　観光地としてだけでなく、倉敷というのは、住むにもよい場所です。
　ここでも何度か書いてきましたが、なにせ岡山南部は『晴れの国』、梅雨も軽いし、台風はそれるし、雪は降らない。でも、中国山地があるので、水不足にはまずならないそうです。水も結構おいしい気がします。

　また、地震がほとんどありません。体感できる地震は、こちらに住んで4年の間に覚えているだけで３回でしょうか。

　天災がそもそも少ないというのは、実に有り難いことです。ここ数年の、集中豪雨や大地震や大雪のニュースを見るたびに、『安全な土地柄』というのは得難いものだと思います。

　一方で、大都市は全くない岡山。県庁所在地の岡山だって、町という感じで、都市、とは違う感じ。
　人口が少ないので、お店だのなんだので、並ぶということが無い…。
　新しいコーヒーショップが開店して数時間待ち、だの、人気のレストランの予約は1ヶ月以上先まで埋まっている、などのトウキョウの話を聞くと、ひえ、と思います。

　人口が過密でない、とくると、当然家賃も地価も御手頃。
　海の幸・山の幸が豊富で、産地が近いのでお値段も御手頃。また、たまたま、手に届くところにとても品揃えのよいワインショップだの、コーヒー豆を目の前で焙煎して売ってくれるお店だのがあり、なんと、所の正門の真ん前にちょっとすてきなケーキ屋さんが出来たりして、ワタクシ的には、食生活＋嗜好品は文句無くまかなえております。

　玉にきずは、公共交通機関が発達しているとは云えないこと。路線バスは、年々廃線が増えているということですし、山陽本線も電車の本数が少ない。大阪から尋ねてくれる共同研究者によると、大阪・倉敷間移動の一番の律速ポイントは山陽本線だそうです。たしかに、のぞみの1時間あたりの本数の方が、山陽本線の本数より多い（笑。
　とはいえ、少ない本数でもぎちぎちすし詰めということは無いのを考えると、増やす必要も無いのですよね。

　ただ、驚いたのは、冬が寒い…。瀬戸内って少なくとも冬は温暖だと思っていたのに。とはいえ、雪さえ降らなければ、冬の寒さぐらいなんとかなっちゃうんですよね。

　困ること、よくないことは…強いて云えば、美観地区が、特に週末は大変混み合う。地元民的に、自転車で通り抜けようとすると、結構ホネです。4年前に比べて、混み合い方が激しくなってきた気もします。観光地としての人気があがったのかもしれません。

　以前も書きましたが、当所は、倉敷に縁の深い大原家によって創立されました。この地には、日本で最初の私立西洋美術館である大原美術館がありますが、名前が示す通り、こちらも大原家によって設立されました。さらに、倉敷中央病院も、倉敷商業高校も、大原家によって設立されたものですし、観光地のホテルとして有名なアイビースクエアはもと倉敷紡績工場（大原家が創立）ですし、本当に、この町は大原家に強い影響を受けています。成功した企業の長とはいえ、ある人の高い志と善意が目に見える形でそこここに残っている町というのは、考えてみたらなかなかない気がします。大きすぎる町ではないからこそ、逆に、個人の業績が大きく見える形で残された、とも云えるかもしれません。

　う〜〜ん。別に、ほめあげようと思って書き始めたのではないのですが、こうやって書くと、褒め言葉が多いな。自分で読み直しても、褒めすぎてイマイチ面白くないではないですか（笑。

　でも、4年間住んでみて、私はかなり気に入っています。倉敷でのんびり住んで、刺激が欲しくなったときは都会に遊びに行く、というのも新幹線や飛行機のおかげで可能なことを考えると、結構贅沢なロケーションのような気がします。

　

　

　
　

ここまでの進展

　2015年、七月第一週。

　私たちのグループは、創立2011年9月1日、なわけで、もうすぐグループが出来て4年。

　ヘテロシグマの研究も、発案してから4年の歳月が経った訳です。

　株を手に入れて、培養に慣れて、無菌化して、核酸の取り方を確立して、ウイルスの精製も確立して、遺伝子を読んでみて…。を続けて4年もたつと、さすがに必要な情報基盤が整ってきて、仕事がしやすくなってきました。
　『情報基盤』というとおおげさになりますが、部分的にではあっても遺伝子配列の情報が得られたことは、大変大きい。今の所手に入れたのは、ウイルスの全長配列と、ヘテロシグマの、ほんの部分配列の細切れ断片。ヘテロシグマのゲノムサイズから云えば本当にわずかな情報しか無い訳ですが、それでも、この配列の山を探ってみると、利用しがいのある配列が掘り起こせたりもします。たったそれだけの情報でも、あるとないとでは大違い。いろいろな解析がぐんとやりやすくなります。

　これまで、全くのブラックボックスのヘテロシグマを手探りでおっかなびっくりあつかっていた訳ですが。宿主にしても、ウイルスにしても、遺伝子配列がほんの少しでも分かると、それらがハンドルになるんですね。ここ2ヶ月ぐらいで手がかり整備が済んだおかげで、ぐいっと自分の土俵にヘテロシグマを引っ張り込めた感じ。

　まだまだ先は長いのですが、ここまでくるのも、一人ではとても無理！でした。いろいろな方々に助けていただいて、教えていただいて、お知恵も拝借して、やっとのことまでここまで来れたというのが本当のことです。振り返ってみると、いろいろな場面でいただいた手助け・アドバイスの有り難さが身にしみます。

　ヘテロシグマを扱うようになってからはさっぱりご無沙汰していた、しかし、こちらに来るまでには日常的に行っていた遺伝子発現解析。モデル生物であれば極めて普通にできるはずの手法を、ヘテロシグマを用いて久しぶりに手がけながら、じんわりと嬉しい♪
　
　未知の生き物、変わった生き物として初めて手を触れたヘテロシグマですが、核酸配列が扱いやすくなり、培養方法は確立し、となると、これはモデル系に近くなってきます。
　あとは、遺伝子導入方法を確立出来れば、分子細胞生物学的な研究対象としては言うことなし。
　とりあえず、今の状態で出来ることは総なめにして研究を進めながら、遺伝子導入については、楽しみついでに気長にトライしていきます。

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という、研究がらみの話題はさておき。

　今週は、勤続38年！の事務のK さんが退職されました。
　退職の日が近づくにつれて、いなくなっちゃうなんて、寂しいよね。。。と話題にでてくる人気者のKさん。
　いままでお世話になった感謝の気持ちを込めて、人生の次のステージにおおくりしましょう♪と、研究所あげてサプライズ・セレモニーがおこなわれました。

　Kさん勤務最後の日、正午になったたところで、申し合わせた通り研究所都合のつく人たち‥‥総勢80名もいたでしょうか‥‥が、そろっと会議室に潜んで、全く知らないでよばれて入っていらしたKさんを拍手とクラッカーで御出迎え。花束、プレゼント、そして金メダル！をお渡しして撮影大会♪

　企画された所長and事務長、なさることダンディーですね♪

　午後に御見かけしたKさんは、金メダルをかけて最後の仕事をされていました。

　Kさんのご人徳あってのことではありますが、それにしても、研究所をあげてサプライズ・セレモニーなんて、ほんとうにあたたかい職場です。
　こういうことが、じつは結構頻繁にあるんです、この職場。そのたびに、ここで働けてラッキー、と、ほのぼのします。

　Kさん、これからの楽しい生活の間を縫って、ときどきは遊びにきてくださいね。御元気な笑顔にお会いできるのを楽しみにしています♪

　
　
　

　

　

最近、反省したこと。

　最近、しみじみと考え直したことがあります。

　実験のコストについて。

　人生で初めて新しく研究グループを立ち上げる機会に恵まれた人は、研究費をとってくること＆苦労して獲得した研究費をどう使うかの２点について、初めて真剣に思いを巡らせることになります（……勢い、このブログもそんな話ばかりで恐縮です）。

　私自身は、初めて自分で研究資金を外部からいただいときに、ささやかな決心をしました。いわく、
　『お金を節約するために、時間を犠牲にするのは（可能な限り）やめる』
　
　研究資金が潤沢であれば、ほぼなんでも買える。時短キットも時短グッズも、人手も。外部委託して実験結果を買う、ということすらもできる。

　でも、『何があっても買えないもの』が、ただ一つだけ、あります。

　それは、『過ぎ去った』時間。これだけは、買い戻しがきかないですよね。
　長らくポスドクをしながら、身にしみて学んだことでした。
　逆に、研究費を節約するために時間を犠牲にするぐらいならば、研究費を使って買った時間を次の研究資金獲得に当てればよい。
　新米PIには極端な決心ではあれど、後から考えれば正解だったと思います。下手の鉄砲も、撃ち続ければ少しずつあたるようになるのも、本当です。
　というわけで、ほそぼそと予算獲得を続ける一方で、極めて順調に予算は消化、仕事の道具立てもそろって参りました。

　で、ずっとこの路線でいこうかな、と思いかけていた頃に、とあるセミナーを聴きました。

　ある若手研究者が、大型予算をとって、網羅的遺伝子解析をじゃんじゃんやろうと思ったけれど、その手の研究にかかるコストって、どうしたって高い。大型予算を持ってしても、できることには限りがある。
　そこで、その人は、実験にかかるコストを、ご本人の表現を借りれば『爪に火をともす用にして』切り詰めるためのプロトコールを開発し、それによって一つ一つの実験のコストを数分の1にまで切り詰めたのだそうです。
　何故かといえば、その『爪に火プロトコール』を使えば、同じお金で、数倍の解析ができる。よって、より多くのデータが得られ、より厚みのある知見が得られる。

　…当たり前、といえば当たり前。しかし、『より多く使うために、より多く穫ってくる』と呪文のように心で唱え続けていた私にしてみれば、目から鱗、なお話でした。

　そりゃそうだ。同じ穫ってきた研究費ならば、有効に使った方がいい。　
『建設的にケチらなければ、できることもできなくなる』というあたり前のことに、やっとのことで気がついた...というよりも、やっとそういう気の回し方が意味を持つステージに達した、ということでしょうか。

　現在、とにかく多数のRT-PCRをかける、という実験に明け暮れているのですが。
　あれもやりたい、これもしたいと思えど、常にそれを制限してくれる忌々しいファクターは、実験のコスト。
　PCR 8連チューブ一つでRT-PCRをかけるのに、何回分注が必要で＝いくつのチップを使って、異なる反応サイズでどのぐらいの酵素を使うことになって…、と今まで【意識的に見逃す】ことにしていた、一回の実験のコストを計算すると、これは、確かに、ケチらないと！と危機感が。
　とりあえず、破格キャンペーン商品を買い漁って、さらにスケールダウンの道を探っています。
　

　

　

　

　
　

自分の目で見てみると

　先週、初めて遭遇したヘテロシグマ赤潮。

　印象に残ったのは、まず、強烈に茶色いこと。
　そして、その茶色が、「むら」になっていること。
フィールドとしているのは、防波堤の内側に四角く囲われた形になっている桟橋、つまり、外海（といっても、瀬戸内海ですが）と繋がってはいるものの、外からの波が直接打ち寄せないような場所です。
　とはいえ、潮の満ち引きはちゃんとあり、同じ時間に到着しても、日によって海面の高さが多少違う。
　波打ち際のように、『うちよせてくる』訳ではないのですが、それでも、ちゃぽんちゃぽんと海面は揺れています。いわゆる、湖よりはかき回されている感じ。

　それでも、ヘテロシグマは、ちょうど雲のように漠然と寄り集まっていて、そうそう簡単には散らされないようです。

　そういえば、海底から1メートル程度の場所には、ヘテロシグマはほとんどいないのだそうです。お昼間はほとんどが海面に寄り集まっている。海の水って、海水温と塩強度の具合で、層状に分かれているのだそうで、たとえば、雨が降って海水面の塩強度が下がっても、海底は影響を受けにくいし、また、海水表面付近の水温は気温につれて高くなっても、海底近くの海水温は非常に変わりにくい。同じ場所でも、高さによって、じつはかなり環境に違いがある訳ですね。

　そして、ヘテロシグマが沢山いる部分は、海水の動きが、いかにも、トロッと粘稠性が高そうに見えます。なんとなく、さらさらした海水にとろっとした茶色い液体の『島』がある感じ。
　実験室で、フラスコでヘテロシグマを飼っても、こういうことはないのになあ。

　…と思っていたのですが、海でとってきたヘテロシグマを、いつも培養に使っている人工海水に希釈して培養し、次の日にインキュベーターのドアを開けてみたら、あら、びっくりするほど塊まって泳いでる…！
　急いでいるときに見たので、そのままにしてしまったのですが、写真を撮っておくべきでした。痛恨。

　赤潮は、増えることは増えるけど、それだけじゃなくて寄り集まるからあれだけ赤くなるんだ、という意見は聞いたことがあったのですが…。でも、なぜ、フィールドのヘテロシグマ『だけ』が寄り集まりたがって、長期にわたって培養されているヘテロシグマはそういう挙動を示さないのだ？

　うっふっふ、これについては、ちょっとアイディアがあります。面白そう。
　というわけで、1週間以上にわたる重労働、報われることを願って、検証実験を始めます♪

　

恥ずかしながら

　初めて見ました。

　ヘテロシグマ赤潮！

　ミクロン単位の大きさの単細胞藻であるヘテロシグマが急激に増殖すると、空からでも視認可能な『赤潮』というマクロな現象を引き起こす。その後、ウイルス感染により急速に死滅、赤潮は消滅して青い海に戻る。自然界にこれだけ分かりやすくダイナミックな現象って少ないんじゃないでしょうか。

　ヘテロシグマの研究を始めよう、と思ったのは、この分かりやすさ・ダイナミックさに惹かれた故、といいながら、、私は、実験室での実験ばかりしていて、そもそもの『赤潮』は、テレビ中継や写真でしか見たことが無かったのです。
　これからは、やはり環境からのサンプリングと、その解析も搦めて研究してみたい。
　などといいながら、去年は、共同研究者に、赤潮がでたらサンプル送ってくださいとお願いするという生温いことをやっていました。
　そして、去年はなぜか、ヘテロシグマ赤潮はでなかった…。

　こういう心がけはよくないですね。

　今年は、現場での採水に立ち会って、貰い受けた海水をラボに戻ってフィルター濾過してサンプル集めをしよう、とココロに決めたのが、この４月。
　去年に引き続いて、共同研究者となっていただいている水産総合研究センターのN研究員にお願いして、6月初めにサンプリングの要領をみせていただいて、その後、赤潮がでたら本格的に対応できるようにしよう、と、腹をくくりました。

　プランクトン捕集に必要なフィルターを数種類揃え、こまごました道具も揃え、強いバキュームも買い込み、用意は万全、のつもり。手始めに、赤潮がでていない海のサンプルを『定常時』として採集するつもりで約束したのですが。

　なんと、その前日に、地元の漁協関係者から、『海が赤くなってきた』と連絡が入ったとのこと。
　ええ？そんなにタイミングよく行くかな？？と驚きながら現場に向かったところ、
　なんと！！！
　

海水表面が、茶色くむらになっています。これぞ赤潮！
なんとなく、トロッとしていそうにも見えます。

素人目にも、あらら、と思うぐらい、海水が着色しています。　
　去年は全くでなかったことを考えると、なんというタイミングのよさ。
　赤潮、と一言にいっても、いろいろな藻類が原因となる赤潮があるのですが、Nさんが調べてくださったところ、これは立派にヘテロシグマ赤潮でした。
　引きが強い、とほめていただきました（笑。

　というわけで、火曜日に思わぬ儲け物で本格サンプリングの後、水・木・金、一日とんで、日曜日にもサンプリング。さらに翌週、もう2〜３回サンプリングの予定です。採水はNさんのおかげで実に手早いのですが、海水を合計５リットル近く抱えてかえるのがかなり辛いのと、帰ってからの作業が結構長い。
　とはいえ、これの解析結果は楽しみで、気分があがります♪

　しか〜し。
　作業をすることで、実験の新しいアイディアも湧いてきた。しかも、本当は、定常時→出懸かったかな？→増えてる増えてる→ピーク→衰退期→定常状態、という各段階のサンプルがそろえば理想的、なのが、今回はいきなりピークに近いところからしかサンプルがそろわなかったな…と思うと。
　もう一度ヘテロシグマ赤潮が発生したら、最初からもう少し丁寧にサンプリングしたい気がしてきます。
　もう一回、この生活か、大変だな〜、とひるむ気持ちはあれど、いや、完璧を目指してもう一度チャンスを狙うか？という気持ちも強い。
　赤潮は、発生しない方が周辺水域のコンディションのためには望ましいのですが…。
　万が一でたら、チャンスを生かさないとね、と、必要な消耗品リストをチェックしております。
　

とうとう竣工式

　新棟、とうとう出来上がり…実は結構時間はたったのですが、6月3日に竣工式が行われました。
　学外からのお客さまにもおいでいただき、式典が行われました。

　

テープカット！この写真では分かりませんが、所員全員が建物正面に

集まって見守っていました。

　いやはや、去年の４月に引っ越しをしてから1年２ヶ月、最初のころは『？？ちゃんと新棟が建つのかな？？』などと思っていましたが、古い建物の解体が終了してからは実に速かった。
　今の新しい建物を見ると、昔の建物が思い出せません。
　たった一年前なのに…。


　以前は、ソテツを前に写真を撮ると、２階建の大部分が隠れてしまうような高さだったのに、三階だてになるとずいぶん存在感が大きくなりました。
　この新棟は、倉敷中央通りに面しているのですが、今後は、その後ろに隠れている1号館と２号館の改築が始まります。両方終わるのは来年3月。それまで、しばらく落ち着かない生活が続きます。
　とはいえ、全て終わったら、文字通り新生植物研改めてスタート！あと1年のがんばりですね。

　ところで。
　私は、どうしても、去年の１００周年記念式典が終わったときに『あ、一世紀に一度のイベントが終わっちゃった…』と脱力感を覚えたことを思い出してしまうのですが。

　所長から所員全員に送られた、竣工式への案内のメッセージに、『新しい建物で１０１年目のスタートを切れることについて、是非みんなでお祝いしたいと思います。』とありました。
　とても当然のことながら、去年が100周年ならば、今年は101周年、つまり、新世紀のスタートなのですね。先日の圃場の101の文字とともに、なんだか前向き！な気持ちになったメッセージでした。