試練です。

　先週、楽しみにしていたゲノム支援のRNAseqの結果が返ってきました。
実はリードのクオリティが悪くて、どうにもならない、かも・・・というコメント付きで。

　そもそも、すべてがうまくいっていたとしても、初めて手をつける解析は、いろいろと学ばなければならないことがたくさんあるわけですが、「うまくいかなかった」となると、これは全くお手上げです。

　支援班は、エキスパートが揃っているわけですが、「うまくいかなかった」というだけでは当然原因は絞れないわけで、「とにかく結果を見てみてください」と言われたけれど、見てみてって、どうやって？？の世界。

　ありがたいことに、この結果が出てくる頃をめがけて、共同研究者のSさんがこちらに来てくださる予定になっていました。彼の助けを借りて、と言うより彼の手によって、リードのQCから始まり、リードの内容をざっと「覗いてみて」今後どうするかを支援班にご相談することに。

　去年の今頃、とある国立研究所でトレーニングコースを受けたのですが、これはきちんと出た結果をある程度前処理したものを使っての実習でしたので、その前の段階を踏むこと自体が初めて、さらに、何が悪かったのかを突き詰めるための解析を教えていただきました。

　一対一でみっちりいろいろなことを教えていただき、さらにどのような手順を踏んだかをわかりやすく整理した形で手渡していただき、教わった内容もですが、全体的な「仕事術」についても、とても勉強になった４日間でした。

　

この一年間、自己流でも少しは使えるようになっているかな、と思っていたのですが、ううん、上級者のお手並みを拝見してしまうと、先は長い・・・を実感。自分って、絶対センスないよね・・・も、実感。
　コマンドラインによる解析もなのですが、苦手意識があるRにしばらく触っておらず、こちらは何も思い出せない状態でした。

　これではいけない。

　週末を使って復習と、次の解析がうまく行った時に自分でも使えるようになれるところまでRになじむために、何か自分に課題を課そうと思います。

　それにしても。
　研究の進行のためには、すんなりうまく行ってくれるのが一番良いのですが、こうやって、「うまくいかない」状態を通り抜けないと、いわゆる経験が積めないのですよね。今後長らくいろいろな解析方法を身につけて行くためにも、今回のトラブルは試練と心得て、修行の機会にいたします。


　

あと一息?

　さて、ウイルスゲノムのアセンブルは、まだ続いています。

　そもそもは、大きなcontigsは6本あり、その間をPCRで埋めていって、2本のscaffoldsまで持ってきた。
　当然と言えば当然ですが、つながりやすいところから繋がっていって、ううん、最後の最後が繋がらない。
　今までやったところに実は間違いがあって、そのせいで矛盾が生じて・・・というのではないような感触がしっかりあるのは救いです。　ここまで頑張って、あれ、話が合わない、これまでつなげたものがおかしい、というのが一番困りますよね。

　もう少し詳しく言えば、大きな2本はつながりそうなのです。ただこのうちの１本がさらにつながりそうな短いcontigがあります。この、短いのと長いのを繋げようとしてPCRしてみると、間をつないでいると思しき配列は出てくるので、それを読んでいくと、もう一本のコンティグ上の配列が出てくる。よかったよかった、と思いきや、あれ？？予想しているのと向きが逆。

　この部分、実はリピートが多いということはわかっていて、大変扱いづらい配列なのですが、う〜〜ん、このリピート部分のアセンブル自体を疑ってかからなければならないような・・・
　とりあえず、疑わしい部分を挟んで何組かのプライマーを作ってみて、PCRをかけてみると、

　バンドが出ないね・・・。

　ううむ、こういうパズルって、どうやって解くんだろう？？リピートが多くて厄介な部分ということならば、お金があってゲノムもたくさん取れたらPacBioとなるのでしょうけれど、そもそもゲノムがたくさんは採れない系統ですし、それにもう、年度末だし。
　しばらく手元の材料で出来る頃をやってみます。

　

驚き・・・

　知っている人は知っているよ、という話なのでしょうが。

　ここのところ、ウイルスゲノムアセンブルを終了しようとcontig間のgapを埋めるべくPCR→シークエンスを繰り返しています。

　contigの端と別のcontigの端の間をPCRして得られたgapを含む配列が長い場合、何度もシーケンスを繰り返して、配列全体の情報を得るわけですが、うっかりして、年末の物品購入が難しい時に、ABI BigDye Terminatorの「バッファーだけを」切らせてしまいました。

　一番重要なMixはかなり残っているのに、テンプレートもプライマーもあるのに、バッファー「だけ」がない。よって実験ができない。

　トンカツ作ろうと思って、上等の豚のロースを買ってきて、わーい、こんばんはトンカツだよ♪あ、小麦粉がないから衣がまぶせないからやっぱり無理、みたいな（例えが幼稚ですが）。

　くううぅ。

　というわけで、暮れも押し迫った12月30日、悔し紛れにネットを検索していたら、な、なんと見つけてしまいました、ABI x5 bufferの代替品となり得るものの組成を！

　興味がある方、ネットを検索してみてください。

　要は、

　ABI BigDye Terminator　を、ケチケチ　使いたい、わけですよね？

　（このブログ、大学HPにぶら下がっており、そういう場に載せた情報は、公式性の高いものという自覚を持て、ということになっておりますので、こういう書き方にさせていただきます。興味のおありの方、お便りください。でも、↑をヒントにネット検索すれば出てきます笑）

　実は、ものすごく簡単な組成なんです。もちろん自分で作れます。

　バッファーは、1-ml　7000円程度で純正品が買えるのですが、ううん、自分で作ったら、10 mlが70円で出来ちゃうんじゃないでしょうか。

　こういう情報を手に入れると、どーしても周りに喋りたくなってしまう私は、早速、いつもいつもお世話になっている所内シーケンスサービスの担当者さんにレシピをお送りし、さらに、現在居室をシェアしている同僚に注進。

　で、知ったのですが、彼はなんと、5 µl以下のサイズでシーケンス反応しているそうで。

　5 µlで反応したら、一度ABI BigDye Terminator kit購入したら、永久に使えるじゃないですか。

　スゴい！！

　これから、それでいこう。Mixは、まだ結構残っているので、年度末の物品購入が難しい時に、ふえーん、Mix切らせたから実験できないよお、という悲しくも無様な事態は、これで避けられそうです。

　久々のびっくり情報でした。

　

　

　

　

　

新年あけましておめでとうございます。

　新年あけましておめでとうございます。
　本年もよろしくお願いします。

　今年は、三が日終わるとすぐ仕事で、なんだか理不尽な扱いを受けているような気分でしたが、良いお正月でしたでしょうか？

　年末ギリギリまで仕事をして、元旦に帰省したのですが、登り新幹線の車窓から見える富士山が美しかったです。
　今回は、他のグループとシェアしている大部屋ラボでの年越しでしたが、留学生が多い職場ななのもあり、年末とはいえ、結構人が出てきているのが印象的。修士1年生が大晦日まで実験しているのを見ながら、自分の学生時代を懐かしく思い出したりもしました。

　年明けて、４月には研究所全体の改修が終了し、新装ラボへ最後の引越しが待っています。最後の引越しを目指して、ささやかながらラボ用スツールと居室用椅子（ピンクと赤！）を新調してみたりして。

　さて、年越ししながら手をつけていたのは、ヘテロシグマに感染するウイルスのゲノム配列決定。実は、一系統はすでに解読済みなのですが、もう一系統手元に持っているもののゲノムも解読しようとして、しかし、これはそこまで喫緊の課題ではないから横に置いてあったものを、仕上げてしまおうとしているのですが。
　口で言うのは簡単ながら、結構難しい....。
　１系統目をde novoでアセンブルするのは、共同研究者が終了させてくださって、私がやっているのは、その配列を参考にしながら、すでに読んであるcontigを組み立てる、というものなのですが、慣れてないからか、センスがないからか、手こずっています。でも、これ、今後研究を進めていく上で、絶対に欲しい情報・・・。
　終了するまであとひと頑張りです。

　一方で、今週は研究所全体の新年会が開催されました。席をくじ引きで決める、というのは、去年から始まったアイディアですが、日頃やりとりがない方々と楽しくお話できたりして、楽しい会でした。今年も楽しくいきたいものです。
　
　

15 年仕事納め

　こういう書き出しは、すでに３回目になりますが、今年も無事に暮れますね。
　こちらで研究を始めて４回目、ブログを始めて３回目の年の暮れですが、こうやって、季節を数巡すると、日本の大学で研究するために必要なもの・ことはとりあえず一通り見てきたな、という感じ。この感触は、ずいぶん安心感を与えてくれます。

　というと穏やかな年の暮れのようですが、実際は現在大忙しで目が回っています。
　引っ越しをまたいでヘテロシグマの調子が悪かったのが、やっと回復。実験は今が書き入れ時！祝日なんぞ、どこかに飛んでいく勢いでサンプル調整中。２４日にはサンプルをドライアイス詰めにして出荷。そして、他については、暮れまで実験して、データを上げよう。
　
　来年は、三ヶ日が日曜日で終わり、４日は月曜日から、明けたと思ったらフル稼働と思うと、31日まで実験とは残念ですが、ま、やること・できることがたくさんあるというのはありがたいことです。ヘテロシグマの調子が悪く、ヒヤヒヤしていたここ１ヶ月を振り返ると、ホントにそう思います。

　さて、このブログも、自身のための活動記録も兼ねて、３年間続いてきました。ここ１年ぐらい、毎回記事をアップして、週末開けるぐらいまでに、必ず、「１１人」からのアクセスをいただくのですが、これは、多分、決まった方々がチェックしてくださっているのではないかと。この手のブログに常連さんが11人と言うのが、多いのか少ないのかは置いておいて、いつも読んでいただいてありがとうございます。最近は、この、私からはお顔の見えない11人の方々に向けて記事を書かせていただいている気持ちでいます。
　実は、そのお一人とこの間お目にかかったのですが、「いっつもポジティブですよね」というコメントをいただきました。
　…いえ、いつもポジティブ！でもなくて、「ポジティブに書くこと」を「いつも心がけて」いるんです。その間には、実は、結構な距離があります、ね（笑。
　ここにいろいろなことをポジティブに書くことで、うまくまとめてしまって全てよし、と、前向きな気持ちをキープできている気がします。そういう意味で、私にとって、この記事を書き続けることはとってもとっても大切なことなのです。

　というわけで、来年もどうぞよろしくお願いいたします。皆様にとっても、私たちにとっても、実り多く良い年になりますように♪

　*********次は、１月８日にご挨拶させていただきます。良いお正月をお過ごしください。*********

　

　

間が空いてしまいました。

　２週間ぶりに活動報告（？）させていただきます。
　今までは、毎週木〜金曜日にアップ、できない時にはご挨拶、のペースで来ていたのですが、今回は、あれやこれや私用と仕事と体調不良（風邪引いた。。。）が重なり、先週末は失礼してしまいました。
　11月終わりから、寒くなったり急に暖かくなったり、寒暖激しかったせいか、周りの人はみんな咳をしています。しかも、なんだか、みんな、違うタイプの咳をしている・・・。
　で、まず私が風邪をひき、治ったと思ったら、出張先でまた風邪？をひき、帰ってきてっみたら、Hさんもダウン。少し良くなっても、咳が残っているので、周りに迷惑かけないようにと一日中マスクをしています。なんだかばいきんちゃんな気分。
　
　皆様も、どうぞお体に気をつけてお過ごしください。

　とはいえ、この２週間は、二つの出張でしっかり刺激を受けて参りました。特に、二つ目の出張、領域班会議。本当だったら、持って行きたかったデータが間に合わなかったのが痛恨ですが、いろいろな方のお話を伺い、勉強になりました。
　この新学術では、ヘテロシグマに感染するウイルスの、細胞生物学的側面についての研究について申請を出していたわけですが、そんな発表をした後で、ある方から、「考えてみたら、毎年冬の間は、赤潮のウイルスはどこに隠れているんでしょうね？どこか隠れ場所が必要ですよね。」と質問されました。そうなんですよね、どこに隠れているのか＝このウイルスの生理生態については、漠然とながらアイディアがあり、それについての研究も実は進めているのです。最近、こちらの研究に手が回りきれず、いろいろと思うところがあるのですが、自分が、面白いよね、と思って細々とでも研究していることを、他の方から、こういう風に質問されると、なんだか勇気百倍。こういう会話ができるって、やっぱり、狭い範囲のトピックに興味を持つ人が集まっているからこそで、本当に、この領域に加えていただけてよかった、と思いました。

　なんて言っている間に、もう、仕事納めまで10日しかありません。しかも、来週の水曜日は祝日のため、業者さんからの納品が受けられる日が少なくなる感じ。こんな時に、のっぴきならないものを切らせたりしたら目も当てられませんね。

　やりたいこと、終わらせたいことは山ほどありますが、これ以上こじらせるのは困るし、こじらせて仕事が長いことできないのはもっと困る。さすがに気が急く師走です。

　

師走です。

　とうとう、師走に突入です。

　引っ越しから２週間経ち、新しい実験室・居室は非常に快適です。ここは、未だに中間地点で、最後は別の場所にまた移動するのですが、う〜〜ん。もう、ここで落ち着きたい、などと思うぐらい快適。幸せなことですね♪
　の一方で、　12月は出張２件、実験の締め切り一件（これが大変・・・）。自分の中の締めきりが二つ。2015年中には終わらせなければ、がいろいろです。
　ホント、12月は、世の中の全てがそういう感じですよね。
　
　自主的締め切り＆実験締め切りを抱えているわけですが、その一方で、先日うまくいかずに、途中で放り出してあったパッケージのインストールを、もう一度取り出してはああだこうだと悪戦苦闘中です。
　どうも、パッケージを配布しているサイトの純正マニュアルに不備があるらしく、そのマニュアル通りにやってみてもうまくいかない、とか、このパッケージを入れる前に、これを入れておいてね、と言われて入れたものが動かず、調べてみると、スクリプト自体が間違っている、なんていう、初心者には目眩がするような事態も…。同じ道を既に通った人々が情報交換しているサイトを見つけ、訂正版スクリプトを見よう見まねで打ち込んで、動かしてみたら動いた時には、初心者、感動！！！しました。
　って、何を打ち込んだかは全く分かっていないし、まるきりコピペしただけなのですが（笑。

　とはいえ、まだ先は長い。困ったな…、と思っていた矢先に、たまたま、同じパッケージを使っている人を発見！恐る恐る、次に詰まったら助けてください、とお願いしたら、実際一緒に触って動かしてみたほうが早いかもね、と言われて、あ〜〜、助かった、ありがたい！と感謝です。

　これ、私だけなのかもしれませんが。
　この手のことって、初学者には、「何がわからないのかわからない」ところがあるんですよね。で、「ああん、わからないわからない…」ループにはまると、二進も三進もいかなくなるのですが、「この人に聞けば教えてもらえる」という人が頭にあると、動かないパッケージを前に、せめて何が問題だから動かないのかをわからないなりに探ってみて、ポイントを絞って質問しなければ、と、考えたり調べたり。結果、何が問題なのかはっきりすれば、質問しなくてもなんとか自力で解決、に至ったりすることが多いような気がします。

　というわけで、迷惑をかける最後の切り札の先生を確保して、もうしばらく格闘してみます。
　実験だって、失敗しないと経験積めないもんね。トラブルは成長の素ということで・・・・（負け惜しみ）。