あと一息?

　さて、ウイルスゲノムのアセンブルは、まだ続いています。

　そもそもは、大きなcontigsは6本あり、その間をPCRで埋めていって、2本のscaffoldsまで持ってきた。
　当然と言えば当然ですが、つながりやすいところから繋がっていって、ううん、最後の最後が繋がらない。
　今までやったところに実は間違いがあって、そのせいで矛盾が生じて・・・というのではないような感触がしっかりあるのは救いです。　ここまで頑張って、あれ、話が合わない、これまでつなげたものがおかしい、というのが一番困りますよね。

　もう少し詳しく言えば、大きな2本はつながりそうなのです。ただこのうちの１本がさらにつながりそうな短いcontigがあります。この、短いのと長いのを繋げようとしてPCRしてみると、間をつないでいると思しき配列は出てくるので、それを読んでいくと、もう一本のコンティグ上の配列が出てくる。よかったよかった、と思いきや、あれ？？予想しているのと向きが逆。

　この部分、実はリピートが多いということはわかっていて、大変扱いづらい配列なのですが、う〜〜ん、このリピート部分のアセンブル自体を疑ってかからなければならないような・・・
　とりあえず、疑わしい部分を挟んで何組かのプライマーを作ってみて、PCRをかけてみると、

　バンドが出ないね・・・。

　ううむ、こういうパズルって、どうやって解くんだろう？？リピートが多くて厄介な部分ということならば、お金があってゲノムもたくさん取れたらPacBioとなるのでしょうけれど、そもそもゲノムがたくさんは採れない系統ですし、それにもう、年度末だし。
　しばらく手元の材料で出来る頃をやってみます。