新年度へ。

　さてさて、早いもので今週土曜日は新年度。
　倉敷も、急に暖かくなりました。
　とはいえ、今年は気温がなかなか上がりませんでしたね。このブログも、過去の記事を見ていると、新年度最初の記事は桜が７分咲きぐらいの写真を載せていたのですが、今年は、ソメイヨシノの蕾はまだ固く・・・・。

　年度切り替わりで、会計も〆、というわけで、困るのはしつこいようですが物品購入。
　最近、ヘテロシグマのミトコンドリアと葉緑体のゲノムの全長情報を得ようとしてショートリードの解析を重ね、リードが足りない部分はサンガー法で繋げて・・・・というところで、ああ年度末、プライマーを注文できない！
　38kbpあるミトコンドリアゲノム、ほんの10bp不明な部分を残すのみ、ああ、たった１本のプライマーが手に入れば、この仕事も〆なのに！という場合でも仕方ない。とにかく必要なものをデザインして、恨めし~~い気分でEXCELファイルに張り込んでいます。
　週末だろうが土曜日だろうが、4月1日朝一番で発注するんだぁ。笑

　実験ができないので、その代わりにスクリプト書き。ゲノム配列を特定したら、ORFを推定して、それぞれにannotationをつけて、NCBIだのDDBJだのに登録するためのfive coulmun formatに整形して、という作業をやってもらえるのを書き上げ、これで去年の秋に泣きながら（？）追われた登録作業は Macにすむ小人さんにお願いできてしまうことに。そういう素養がある人にとっては何でもないことだと思うのですが、去年の春、全くの素人から始めた修行も、結構使えるところまでもってこれて、ちょっとうれしい。残念ながら仕事は〆られませんでしたが、上達を実感できたということで、年度末の区切りとしておきましょう。

　明日から新年度、となると、もうこれは、皆様、よいお年を！と新年『度』のご挨拶をしたくなってしまいます。

　

　

春休み（？）

今週は、お休みさせていただきます。
年度末の来週金曜日に記事をアップさせていただきます。
東京で早い桜の開花が見られたとのことですが、早く暖かくなりますように。。。

そろそろ年度末

　倉敷は、なかなか暖かくなりません。先週末にちょっと上向いたと思ったら、また寒の戻り・・・・今週半ばの風の冷たさは、特筆すべきものがありました。

　 3 月6~7日の研究所シンポジウムを終え、今年度最後の出張を終え、毎年３月半ばに行う半日の停電を伴う電気系統定期点検を終え・・・ 年度末の行事がひとつずつ終わっていきます。ああ、今年度も終わる・・・と思っていたところに、やっとの事で残る論文が２報受理されました。前回（？）は、２週続けて受理のお知らせをいただきましたが、今回は二日続けてでした♬　年度が変わらないうちに受理されて、よかったよかった。ホッとします。
　これらも、正式に publishとなった時点で、内容を報告させていただきます。

　こうなると、一気に気分は春！！寒さよりも暖かそうに見える陽射しに目がいったりします。

　そう、気がつけば、年度切り替わりまでたった２週間。

　先日からごにょごにょ手こずっている解析仕事も、3月31日までには目処をつけよう。ほかにも、ちょこちょこと本年度中に区切りをつけたいものが目に付きます。

　ひとつずつ仕事を〆て、すっきり新年度を迎えたいものです。
　
　
　

問題解決（のはず）

　今週は、2日いっぱいかけて『植物ストレス科学シンポジウム』が行われました。このシンポジウムはその直後の拠点共同研究報告会と合わせて、年最大の研究所の行事といえます。
　これが終わると、ああ、本年度もおわるのだな、という感じ。早いですね。

　さて、先々週に書いた、『なぜうまくいかないのか？』と悩んでいた解析について。
　識者とお話しするまでは、放っておく、の誓いもむなしく、気になって気になって。で、結局、いろいろ手を変え品を変え、目的のことが曲がりなりにもできてしまったのが先週の初めのこと。
　とりあえず、疑問は解消したものの、その後の手続きを進めようとしてまた引っかかり・・・。
　で、結局、お会いできた識者にヒントをいただき、それならできそう！と、再び四苦八苦・・・したいところなのですが、こんどは、いつもお世話になっているサーバーのjobがいっぱいで。

　たぶん、これ、予算消化を目指して駆け込みNGSしたリードを急いで解析、とか、そういうのじゃないでしょうか。
　いいなあ、　NGSで消化するほど予算、もらってみたい（笑）。

　 試行錯誤、しようにも、そもそも1回の試行もなかなかさせてもらえません。こんなところでも、年度末を実感しました。

河津桜の季節です。

　倉敷は、なかなか暖かくなりません。
　特に朝。通勤時の気温は、1〜2度。まだまだ、朝、自宅ドアを開けるのには、ちょっと覚悟が必要です。
　とはいえ、日が長くなり、通勤途中の河津桜も咲き始め・・・。

じつは、倉敷に住むまで知りませんでした、河津桜。まだ寒いのに、濃

いめのピンクで咲くのを見ると、いや、私めも、寒さに負けないで、がん

ばろ〜〜っと、という気分に。。。（単純）

　桜、といえば、ソメイヨシノ、と思っていましたが、倉敷に住むようになってから、まだまだ寒さが続く頃からぽろぽろと咲き始める河津桜に目が行くようになりました。
　春が近づいているのだな、と、心励まされる感じ。何度も書いた気がするのですが、倉敷って、瀬戸内って、案外寒いのです・・・・。

　頃は3月、会計〆の此の期に及んで、出張が2回も入ったり。なかなか大人しく終わりにできない今年度です。早くも来週月曜・火曜は、恒例のシンポジウムと共同研究発表会。
　あれから一年がもう巡ったのか！早いものですね。

　シンポジウム・発表会自体もですが、そのために共同研究者が一堂に会します。それに付随したいろいろ（つまり、夜の集まり。笑）も、楽しみです♪


　

先週に引き続き・・・・

　先週に引き続き、地味な実験をしながら手持ちのデータをいじくる毎日です。
　でもっ！ここで、なんだか正体がわからないトラブルで詰まってしまい・・・・・。
　いったい何が悪いのかよくわからないまま、2日が経とうとしております。
　考えても考えても、どうしてこういうトラブルが生じ得るのかがわからず・・・。

　ふえええん。
　考えてみれば、去年から始めたスクリプト修行、何かをしたいと思った時に、頑張ったけど結局できなかった・・・と諦めなければならなかったことは実は、なかったかも。
　大したことをしていないからだという話はありますが、とりあえずできるまで粘ってしまう性格なのか、あれを試したりこれを試したり、の末に「ほーら、できた！！」という結末を迎える、ということが多かった気がします。
　でも、今度のトラブルは、どうしてもなぜこういうことになるのかが、どうしてもどうしてもわからず。。。

　これは、もう、この手の話に詳しい知恵者に聞くしかない、と、とうとうさじを投げました。実にモヤモヤしますが、生兵法で時間ばかり使ってもね、というわけで、すべてのファイルをまとめてしまって、知恵者のご来訪を待つことに。それにしても、どうして？？と、う〜〜ん、気になる。

　例によって例のごとく、年度末ですので、だんだんと予算も心細くなる上に、物品購入の締めも近づいてきています。加えて解析の謎まで、とくると、身動き取れない感、毎年のことながら、ちょっとブルー。
　とはいえ、日が長くなりましたね！倉敷はまだまだ寒さが続いていますが、あと６週間で、新年度！年度切り替わりの、あの、パーっとした感じ、待ち遠しいです。
　
　

　

　

　

反省を生かして・・・

　ここ１年間、投稿中のものも含めると、うちのグループからは結構論文がでてます。

　というと、実にカッコがいいですが、この現象を正確に表現すれば、

　ここ数年間、ために溜め込んだデータをまとめ上げて、やっとのことで論文に仕上げました、

　全くニュアンスが違ってきますね（笑。

　たとえば、ミトコンドリアのゲノムを読んだ、遺伝子予測してアノテーションした、とか、これまでに蓄積したRNAseqのリードをアセンブルして、網羅的とまでは言えないまでも遺伝子配列情報が結構得られた、とか、ウイルス感染の時系列解析をしてみた、とか。
　やってみた、できた、いろいろわかった、じゃ、次、を気分よく繰り返しているうちに、ハッと気が付けば月日は経ち、目に見える形の成果が何も出せていない、という恐ろしい状態になっていたのが去年の春。
　しゃかりきに手元のデータをまとめ上げて、キチンと人様に見ていただける形にして、書き上げて、、、に忙殺されているうちに、あっという間に一年たちました。

　ツメが甘い性格って、こういうことになりがちなんですよね。お本当に恥ずかしいし、よろしくない。
　だいたい、研究活動＝研究計画立てて、必要な研究費獲得の目処もつけ、実験してデータ出して考察してを繰り返し、得られた知見をまとめて発表して、その実績を持って次の研究につなげる、と言う研究のプロとしてお給料をもらうには必須の形に持っていくには、

論文書きを後に回してちゃダメじゃん。

　と、芯から反省した一年でした。

　論文を書きはじめるには、パリッとまとめ上げた図が必要。図を作ると、それを見ながら言いたいことが後から湧いてきたりもするし。
　でも、今までの自分を振り返ると、結果を綺麗にまとめて、人に見せたくなるような図、というのは、論文を書きながら作る、あるいは、学会発表に間に合うように作る、と言うことをやっていた気が。
　特に、配列解析。
　遺伝子配列を読んで、断片でも完全長でも、FASTA形式のファイルにまで漕ぎ着けたら、やれやれ、と安心していました。

　そりゃ、それが一番コアな情報かもしれないけど、そこから得られる情報は「文字列」には終わらない、のが身にしみたインフォ修行の１年間だったりもしたわけです。
　
　もう少し、見せたくなるようなFigureマニアになろう！と思い、最近、手元にあるデータをしつこく解析しては、綺麗な図にする、と言うのに凝っています。
　・・・っていうのは簡単なのですが、こんなことがやりたい、あんな図が欲しい、と言うときに、市中に出回っているアプリケーションを使えば解決、っていうものでもないんですよね。最近一番驚いたのは、同じ種のゲノム配列をいくつも並べて、部位別にどこが似ていてどこが似ていないかを定量化する、という、たったそれだけのことをするツールが見つからなかったこと・・・・。ないわけないよね、と思って探せど自分一人で見つけられず、恐る恐る育種に詳しい同僚のアドバイスを仰ぐも、いや思ったほどぴったりなものがないですね、と言う話に。
　で、結局自分でスクリプトを書いてみました。深く深く考え込むと、完璧とは言えない点が残ってはいるのですが、ざっと解析して、可視化するぐらいならばこれで、という程度のもの。
　なのですが、それで解析してみたら、あれ？？という発見があり、ちょっとドキドキ。
　最近手元に入ってきて、う〜〜ん、どこまで使い道があるかな？と思うようなNGS解析の結果も、先の方法でしつこく解析を繰り返すことにすると、ちょっと追加の実験をすれば結構な情報が汲み取れそう。
　
　やっぱり、ツメって大事だわ・・・。と、改めて反省しつつ、こうなったら最後の一滴まで搾り取るつもりで、ねちねちねちねち、いろいろ試してみることに。
　折しも年度末、研究費も残ってないし。反省を生かして、しばらくは アタマでデータに付加価値を与える路線で行ってみます。