＠札幌

北海道大学キャンパス。緑が豊かです。

北大農学部

この木のトンネルを抜けると、農学部

　今週は、解析のご相談に現共同研究者を、そして、いろいろご一緒にできれば良いな、の、将来の共同研究者をお尋ねして、北海道大学に出張しておりました。
　緑滴る・・・雨に降られておりましたので・・・・広々としたキャンパス。むかーしむかし、大学生の時に訪れた時には、ひゃー、綺麗、外国の大学みたい！！と、想像で思っていたのですが、今となって思うのは、外国の大学、でも、ここまで緑豊かなキャンパスって、結構珍しいのではないかと。
　訪問したのは、20年以上前なのですが、その頃に比べて、そもそもの大木がもっと大きくなっているはず。ポプラ並木が、倒木の危険あり、というお話を伺い、時間の移り変わりを実感しました。
　大学の施設も見学し、いろいろとお話も伺い、さて、そろそろ次の予算申請シーズン、頑張らないとね、というこの季節おきまりのお話もし、暑い暑い岡山に戻ってまいりました。

代わり映えしないながら、の一週間

　最近、日の経つのが早いのです。
　特に今週は、月曜日がお休みだったため、余計に早い。火曜日ぐらいのつもりが、すでに木曜とは！

　でも、この早い感は、充実している証拠かも、と思うのです。
　昔、ポスドクをしているときに、実験うまくいかず、しかも、テーマが面白いと思いこめず、辛いんだよ・・・とボソボソとこぼしていた同僚。とある木曜日の夕方に、"Have a nice weekend!" と声をかけてくれたので、"I am sooooo sorry, but we will see each other here tomorrow.　だって、今日は、木曜日よ？"と答えたことがあり。
　あの時の彼は、へへへ、と笑いながら、ちと辛そうでした。。。。。　元気にしているだろうか、とときどき思い出します。こういう場面って、妙に心に残りますよね。調子が乗らないときに、ふと、「でも、木曜日と金曜日を勘違いしてないからまだまだ大丈夫」などと思ったり、今日みたいに、え、『もう』木曜日？と思うときには、焦りよりも、これってちょっと幸せかも、と思えたりもします。

　さて、学会より帰着、論文をまとめようと、図をしあげたり、付け足し解析をしたり。
　学会会場でのいろいろな方とのやりとりから、そもそもこの論文を出そうと思っていた雑誌よりも上が狙いたい気分になっており。となると、もう少しネチネチと解析してみたいと思うわけです。
　今年の春ごろから手をつけたperl修行ですが、何やら性に合っているのか、出張時を除いてほぼ毎日触ったり、書いたりしている・・・、と、遅く始めた修行だろうが、どんなにセンスがなかろうが、なにかしら身についてくるものですね。昨日から、今まで何人もの論文で発表されてきたある遺伝子の分類を、すこしだけ切り口を変えて解析しなおしてみたいと思い、スクリプトを書いて、職場の定期健康診断にかかっている間に走らせたら、帰ってきたら、解析はちゃんと終わっていました。

　これって、遊んでいる間にこびとさんたちが働いてくれているぐらいすごいかも♪
　しかも、多少は頭脳労働を肩代わりしてくれているわけで。

　いまだに、あれ？なんで動かないの？なんで？なんで？なんで？？と詰まり、あ、そんなことが原因だったの？！がっくり・・・。と言う場面も多々ありますが、得られるものが大きいと実感することが多くなってくると、そんなことは気にならないものですね。
　とりあえず、今は自分の手持ちの知識とロジックで思いつく解析を走らせているだけですが、仕事をいくつか仕上げたら、ちゃんと統計の勉強もして、もうすこし高度（？）なことに手を出したいなあ、などと思えてきました。

　



　

The 8th Aquatic Virus Workshop

　２泊３日（とはいえ、前泊が必要なスケジュールですが）で、イギリスのデヴォンはプリマスで開かれたThe 8th Aquatic Virus Workshop に参加してまいりました。

　水圏ウイルス学研究会、という感じですが、宿主をあげれば、藻類・珊瑚・バクテリアいろいろ、エビ、ヒトデ、と当然ながら水圏生物いろいろ。サンゴ礁の枯死（というのか？）だの、アオコによる飲料水の汚染だの、え、それもウイルスが関係するの？？なお話とも絡めたいろいろなトピックがあり、とにかく見聞が広まりました。

　面白い学会には、熱い討論が行われた、的表現を被せたくなりますが、この workshop は、みんながひたすら仲良し、また逢えてよかった、楽しいね🎶な感じ。。。。私自身がそうであるように、そもそも、この会の出席者は、みんな国に帰れば少数派なトピックに関わっているためでしょうか。
　会の最終日には、主催者への Thank you note にサインして、とカードがこっそり回されたりして、こういう暖かい楽しい集まりは初めてです。
　次の会合＠ネブラスカがすでに待ち遠しくなっています。

　ところで、この学会に出る前に、私としては、この分野のココが、最近どういうことになっているのかどーもわからない・・・・、皆さんのご意見を伺ってこよう、などと思っていたポイントがあったのですが。
　私自身が発表した後に、「初めてお目にかかる、かの有名な研究者」に、「そこのとこ、どう思ってるの？」と、いきなり質問を受け、それは私がお伺いしたかったのですが、と、内心苦笑。とはいえ、自分の発表が元となって、私自身、ハテナ？と思っていた部分について色々と指摘していただき、ハテナ、がかなり整理された気がします。
　論文のプロセスは早くなり、インターネットで世界中つながり、と、顔を合わせなくても情報を手に入れることは十分できるはずの昨今ですが、やっぱり顔を合わせて、肉声でやりとり出来るって、本当に貴重。この学会でのやりとりを糧に、この仕事もまとめあげよう、と、密かにうでまくりな気分です。

　また、国際学会に出席すると、日本の学会ではありえないような、日本からの出席者との中身の濃いやりとりが可能になったりしますが、今回も然り。研究の話、ラボ運営の話、研究者としての気持ちの持ちようについて、などなど。日本ではなかなかできない話が、異国の風物に囲まれると、なぜかできたりするものですよね。また、近いうちにお目にかかれたら良いですね♪と、名残を惜しみながらお別れいたしました。もしもこれをお読みになっていたら、K大 O 先生、Y先生、Nさん、大変お世話になりました。（←読む人が読めば、どなたか一目瞭然です。笑）

　

書くまいと思へど・・・

・・・暑いですね。
これが7月上旬とは信じられない！すでに倉敷も酷暑です。

　実は、来週は今話題のイギリスに学会出張。
　イギリス、といえば、涼しげな印象がありますが、数年前に夏のロンドンを訪ねた時は、いや、別に涼しくはなかったな・・・。からっとはしてました。ここしばらくの蒸し風呂のような暑さ、からしたら、かなりありがたいですね。
　今回は、ロンドンっ子が避暑地にする海辺の町、プリマスという街に行きます。避暑地だったら、マチガイなく涼しいことでしょう！
　タスカッタ！肌寒い気候にも備えた準備をいたしましょう。

　などと思いつつ、BBC weatherをチェックして、驚き。
　

　最高気温　17度。

　涼しい、のは結構ですが、それって、東京の気候で言えば、3月下旬の最高気温。桜が咲く前ではないですか。
　急遽春秋用の軽いコートなど引っ張り出しながら、体調を崩しそうで心配です・・・。

　今回は、Aquatic Virus Workshopという水圏に存在するウイルスに関する比較的小さな集まりなのですが、初めて出席するのと、これから投稿したい論文に関する内容を発表するのとで、結構緊張・・・・。
　出発直前まで解析をしながら、ううん、準備万端とはいえず。
　とはいえ、以前から論文を読んでいて幾つか疑問なことがあったので、その辺についても色々情報収集ができそうで、とても楽しみしていた学会です。
　とりあえず、酷暑の日本から韓国仁川を経由して冷涼なイギリスへの旅、体調管理に役立ちそうなものをスーツケースに詰め込んで、行ってまいります♪
　

ピンポンなやりとり

　ピンポイント、ではなくて、目にも留まらぬ速さで行ったり来たり、の、ピンポンです。

　ここしばらく、データ解析に忙殺されていました。
　正確に言えば、私が解析をかけるわけではなく、解析をかけるまでにしたデータを共同研究者にお渡しして、解析してください、という、いわばファイルのプレップに忙殺されていたわけです。

　一つは、ウイルス株間の遺伝子比較。大型ウイルスの研究に踏み込むと、遺伝子数300などというウイルスがごろごろ出てきますこれらのウイルスの配列と、遺伝子情報をある形に整理したものを用意して、それを使ってプログラムを走らせるわけですが。
　そのプログラムに読んでいただけるような形式に核酸・タンパク質のfastaファイルのヘッダーを変え、CDSについての情報を整備し、というたったこれだけのことをするのに、私の技ではなかなか完璧にできません。
　とりあえず、準備をして、お願いします、と共同研究者にファイルをお送りしたところ、形式の違いを教えていただき、あら、とやり直すもあっちこっちにちょっとした穴があり・・・。土日を挟んでファイルをお渡ししてしまい、「もう、週末はどうぞご心配なく、来週に願いします」とメールしたのですが、来週はずっと出張だから、と、週末はずっと連絡を取り合う羽目に。せっかくの週末に、こんなことで申し訳ない、と思いつつも、結局週明けには解析の結果まで返していただき、本当にありがたかく、月曜の朝から微妙にじーん、としました。

　という一件を終えて、次は別件で別の共同研究者とやりとり。私の方は、夜10時すぎかすみ目になりながら粘ってデータの一時処理を終わらせ、帰宅。やれやれ、とスマホを見ると、え。夜10時45分にお相手から返信・・・・。こちらの方は、その前日まで長期出張にいらしていたので、今日は早めにおかえりでしょう、と思っていたのですが、職場からかおうちからか、すぐにお返事を下さっていました。

　やっぱり、夜だの、週末だのに仕事のメールは控えるべきかしら。

　とはいいつつ、やっとの思いで処理を終わらせ、ほとんど誰もいない灯りの消えた職場を閉めて、ぐったりと帰宅したはずが、こんな風にあっという間にお返事がいただけるのはなんだか嬉しい。1日の終わりに、妙に元気になってしまいました。

　私自身は、このお二人とは、しばらく前から共同研究を始めていたのですが、じつは、ここ一ヶ月ほど、せっかくだから３人で面白いことやってみよう！という話になり、明日が３人でミーティング。お二人同士は、多分始めての顔合わせなのです。ここしばらく、予算申請を３人でメール上でやりとりしながら進めていたのですが、始まる前から心強い共同研究いよいよ本番、顔合わせが楽しみです♪
　

二週間あいてしまいました

　はっ！！と気がついたら、すでに週末だった先週。二週間ご無沙汰してしまいました。

　最近、日が過ぎるのが早いです。幾つかのテーマをお手玉しているからだと思うのですが、物事が進むのと競走でカレンダーもめくれていく、という感じ。梅雨に入ったと思えば、6月もあと一週間で終わりではないですか！

　さて。
　5月12日に届いた、泥の話。

　何の変哲もない海底の泥を人工海水に懸濁して、待つこと二週間、いろんなプランクトンが生えてきた！と書きましたが、目的としていたヘテロシグマ４箇所の泥のうち、３箇所からわんさか生えてきてくれました。
　で、これらからHさんが技を駆使して黙々と細胞拾い。私がPC前で解析で手首をおかしくしている間に、合計140株近くを樹立してくれました。
　これからの研究へのインパクトはもちろんですが、単純に数だけ見ても、「やった！」という達成感が生まれてしまいます。

　さて、これを使って何をするかは・・・・ここにはまだ書けないのが残念。大雑把に言ってこれから二つの絡み合うテーマを扱うことになるのですが、ほんと、株を数多く持っているって重要です。

　環境微生物学系の研究って、サンプル数をこなすことが非常に重要で、こなせばこなすほどいろいろなことが言えるわけで。この辺が私自身が経験のある細胞生物学とはかなり違うところ。
　6週間前に受け取った海底の泥、まさに宝の山だったわけです。

　というわけで、ガラスの培養管も大量に買い足して、しばらくはインキュベータの中はヘテロシグマ入りの培養管でぎっちり！になりそう。数をこなすのは大切、というのは、言い方を変えれば、最小限の手間で扱わないと大変なことになる、わけで、慎重に作業手順を決めようと思います。

試行と錯誤

　津々浦々からの泥や頂いた海水からのヘテロシグマその他単細胞藻類をピックアップ。

　この、拾う作業をおしえてくださったNさんは、まず、藻類が入った海水を自分が欲しい藻類細胞が通らない程度の大きさのメッシュにかけて、通ってしまったものは捨て、上に残ったものを回収して、そこから拾うと言う手順を踏まれるそうです。そうすると、小さい（多くの場合、生育が早い）藻類を先に除いて、目的の細胞をいわば濃縮して、そこから拾うことができるから。

　　ポリエチレンのパイプにナイロンメッシュを張って使っていらっしゃるとのことで、ウチでもそれを真似して作りたい。

　また、泥を懸濁しておいて、目が覚めてきたプランクトンを拾うときに、大粒の泥や鉱物の塊を除いたらやりやすいよね、という話になりました。この場合には、大きすぎるものを除いて、ちょうど良い大きさのものを残したい。つまり、網目を通り抜けたものを取っておきたい、わけです。

　メッシュサイズが何種類かあるといいなあ。それに、今までの習慣から、オートクレーブ滅菌したい、などと思ってしまいます。ポリエチレンパイプとナイロンはなんとか高温に耐えるらしいのですが、それらを貼り合わせてる接着剤は、多分、無理、とのこと。
　
　パイプは、金属に替えればよい。
　ナイロンメッシュは、これはサンプルを出してくださったメッシュをたくさん販売していらっしゃる会社の方からのお知恵で、PETメッシュがよい、とのこと。より高い温度に耐えるのだそうです。メッシュは目の粗さの違うものがいろいろあります。素晴らしい。

　じゃあ、どうやってパイプとメッシュをくっつける？
　くっつける、だけじゃなく、メッシュサイズが違うものと交換したりできたら最高。一つを使い回すのはクロスコンタミが心配だから、数が欲しいし。

　というわけで、いろいろ考えて、思いついたのは刺繍枠。金属製のパイプを５センチぐらいに切ってもらって、そこにちょうどいい大きさのメッシュを置いて、上から金属でできたネジで止める結索で押さえて締める。

　刺繍枠、太鼓みたいにピンとはれますもんね。グッドアイディア。

　‥‥‥と思ったのですが、実際買って試したところ、いや、メタルの結索をパイプに「きっちり」巻きつけるのは、至難の技だった。

　では、と方針を変え、家に転がっていた仕付糸を持ってきて、これで縛ってみようか、と思いました。
　でも、木綿糸をつるっとすべりやすいメッシュの上からきっちり巻くのは、これも至難の技だった。

　う〜〜ん。こうなったら、特注で、刺繍枠のネジ付きの方みたいなものを薄手の金属でオーダーして作ってもらおうかしらん。
　そう考えて、業者さんにご相談。案外安く済むかもね、という話でまとまりました。

　で、次の日になって、業者さんいわく。

　『いわば刺繍枠みたいな仕組みで、挟んだ布地をピンッとはれて、耐熱性があって、簡単にきっちり巻き付けられて、何度も使えるもの』が欲しい、と金属加工業者さんに相談してくださったところ、
　　　　　　　シリコンでできたゴムバンドでいいじゃん、とのこと。
　思わず膝を打っちゃう説得力ですね。それが一番簡単ではないですか♪

　よかったよかった。金属パイプを５センチと３センチにスライスして、両側にやすりをかけたものを１０個作っていただいたのですが、それほどお高いものでなくても、無駄にするのはやはり惜しい。ラボ開きから5年近く経つ『新奇非モデル生物』を扱うラボには、大した値段じゃない、実験に使えないかな？と購入してみたものの、やっぱりダメだった・・というものが年月とともに増えてきているのです。試行があまりに頻繁に錯誤に終わると、それこそ分類不可能品引き出しがあっという間にいっぱいになりそうで。
　少なくとも、パイプ加工品の方は、当初の希望通り機能してくれそうです。

　ところで、メタル結索は10本購入したのですが、どなたか、他の目的に使ってみたいという方、ご連絡ください。圃場で使わないかな・・・。