ミトコンドリアだらけ

こまったな。

と、思案中。

以前、葉緑体のゲノム配列を読んでいただくために、葉緑体をたくさん精製した話をしました。ここから精製した葉緑体ゲノムを次世代シーケンスで解読していただいたのですが、いくつか技術的にむずかしいところがありまして。
　解読していただいたデータを解析してみたら、葉緑体ゲノムは解読できなかったのに、ミトコンドリアゲノムがしっかり読めていたりしました。

　つまり、葉緑体を精製したハズの画分に、結構な割合でミトコンドリアが混入していた訳です。

　やれやれ。

　と、解析を教えていただくためにお尋ねした研究室でお話しして、帰ってきて２週間。

　現在、こちらは外部委託でウイルスゲノムを読んでもらっているのですが、ふとこちらが心配になりました。
　で、試しに、凍結保存してあったウイルスを取り出してきて、希釈したものを鋳型にウイルスに特異的なプライマーセットと、ミトコンドリアゲノムに特異的なプライマーセットを使ってPCR。

　.....両方の反応でばっちりきれいなバンドが!!
　つまり、ウイルス粒子としてとってきた画分の中にミトコンドリアが結構な割合で混じっているということでしょうか。イヤになっちゃうなあ!

　まあ、配列解読をすれば、ミトコンドリアはミトコンドリアとわかるのですが、たくさん混ざり物があると、その分そちらにリードがとられてしまう訳で、ミトコンドリアゲノムの１０倍以上の大きさがあるウイルスゲノムがきちんとつながらなかったりして…。

　ま、こちらは、結果が帰ってくるまでどうしようもないのですが、外にも考えている実験があり、そちらにも混ざり物は欲しくない。ミトコンドリアをどうして除くか……しばらく思案投げ首です。