そろそろ大詰め

　今年の倉敷、冬も厳しかったけれど、春もなかなか手荒です。ぱあっと四月中旬の暖かさまでいったと思いきや、あっという間に二月なかばあたりに逆戻り。晴れの国には珍しく、冷たい雨が続けて降ったりも。
　天候に振り回されているうちに、年度末も迫って来ました。
　この時期、幾つもの学会が重なっており、そのせいで所内はひっそりしてます。
　ちょっとしたセミナーとか、行事とかがあっても、集まってくる人の数が少ない。
　なんとなく、活気がなく、まの抜けた感じです。かくいう私自身も、来週は札幌へ。
　う〜〜ん、せっかく暖かくなる気候を楽しみたいこの時に、北ですか・・・・・

　とはいえ、自分自身の仕事では結構大詰めな感じ。ずっと積み重ねて来た配列解析、そろそろいろんなことが見えて来た気がするので、形にしようと、念のために解析し直したり、図を仕上げたり。
　去年一昨年からこういう仕事を、ほとんど状況に迫られて（つまりは、テニュア獲得に向けてもっと実績が必要だったので、論文を書きたくて）、一から勉強して論文書くところまで持っていった、という、突貫学習にて始めたわけですが、やればやるほどおもしろい。。。。
　たまたま手元にあった材料が面白いものだったという幸運に恵まれ、まだまだ勉強しなければならないことばかりなのですが、一口にいえば、数をこなせばこなすほど、それまで見えなかったことが少しずつ形をとって姿を現す感じが、なんとも良いのです。
　いくつもいくつも系統樹を書いては、わかりやすいように線の太さを変えたりbootstrap値を入れたりと言う、辛気臭い仕事をしながら結構幸せ♪

　謎が謎を呼んでいるところもあるのが逆に楽しみな、今後に向けて大切に育てていきたいプロジェクトです。

　

やっと咲いた！

　今年は、河津桜の開花が遅かった気がします。
　去年は、三月三日雛祭りの記事としてあげていますが、先週末からちらほら咲き始め、2週間遅れの今が満開。
　寒い時期がいつもより寒かったからでしょうか？

　いやはや、三月ですよ。あと2週間で新年度です。
　学会シーズンでもあり、修了生たちは、すでに宗論・博論提出後とあって、なんだか閑散としています。恒例の設備点検のための全所停電もおわり、今年度も終わりを迎えますね。

　前々から手こずっていたサンガー法によるシークエンスもやっとの事で締めることが出来そう。手元のデータが完全な形かもう一度確認して、あとは論文を書き上げるのみ。どうも、自分の得意分野ではないところを独習しながら進めている研究で、でこぼこ道をてくてく行く感じが強いです。
　とはいえ、このプロジェクトには、『夢』を感じているのです。もうひとまわり、ふた回り、大きい仕事にしようと目論んで、あちこちと話をして見たり、予算の算段をして見たり。いい大人が『夢』なんて、何を寝ぼけたこと言っているんだ、に終わらないのが、この仕事の幸せなところです。

　河津桜が終わったら、一息置いて、今度は染井吉野でしょうか。ソメイヨシノといえば、以前写真を載せたこの桜。
　この写真を撮ったあと、改築の都合から、一度移植された桜の木でしたが、実はそのあともう一度移植されて、所内の別の場所に植わっています。
　３年以内に２回も移植して、どうなっちゃうんだろう。。。と思っていましたが、先日見たところ、写真の、一度移植された痛々しい姿よりも、ひとまわり大きくなっているような。そして、花芽もついている.....！
　今年も元気に咲いて欲しいものです。

　
　

　

　

どっきり2件

　先週木金と、共同研究者が北海道から訪ねて来てくださいました。
　研究内容は、ヘテロシグマの発現遺伝子配列情報の整備を目指したRNAseqリードのアセンブリ。アセンブリして、機能を推測して、、、、をすすめよう、と言うものです。
　モデル生物ではないヘテロシグマ、NCBIデータベースを検索しても、ゲノム配列情報はもちろん、発現遺伝子配列を情報もほとんどデポジットされていません。Heterosigma akashiwoと入れて検索すると、出てくるもののかなりの部分は、私たちのグループが読んだ配列です。

　いえ、『でした』。

　ヘテロシグマ発現遺伝子配列を可能な限り網羅的に得て、とりあえずは自分たちの手元に私設データベースを作りたい。で、それができたら、すでに発表されている他の種の発現遺伝子配列と比較解析したりして、論文にまとめたいですね。と言うつもりでの共同研究です。
　共同研究者のSさんにアセンブリをお願いして、私はその間に、比較解析をする為の別の種のゲノム配列や発現遺伝子配列をなるべくたくさん取ってこよう、と思い、とあるリソースにアクセス。
　このリソースは、まだNCBIにデポジットされていない情報を持っており、ここを探せば、キュレーションは多少の粗かったとしても、最大量の情報が手にはいるはず。
　まず、このリソースから、その関連プロジェクトで得られた全てのショートリードをアセンブルしたと言う巨大なファイルのダウンロード開始のクリックを１日の最後の仕事として、同僚とSさんと楽しく夕ご飯。
　沢山おしゃべりして、お酒もいただいて、楽しく過ごした次の朝。

　昨日落としたフォルダーをダブルクリックしたところ、わかってはいたけれど、720個の配列をを入れたFASTAファイルがずらずらと。。。。

　ざっとスクロールしてみると、あれれ？？Heterosigma akashiwoと言う文字列が目に飛び込んで来ました。ヘテロシグマの名前がついたファイルが複数個ある........‼︎‼︎
 えええぇ????そんなの知らなかったよ?!実は、このサイト、前にも尋ねたのですが、今ひとつ使いこなし方がわからず、ヘテロシグマについては重要な情報は入っていないね、と結論して、そのあとあまりチェックしていなかったのですが。

　一気に目が覚めました。で、恐る恐る、ここからマトモに遺伝子配列が得られていたならば最終的にはその情報が全てデポジットされるはずのNCBIデータベースを検索。
Heterosigma akashiwoと入れると、700以上の配列が出て来ます。

　以前より随分増えている......。血の気が引く思いです。

　とはいえ、このうちの確か200近くは、私たちのグループがシークエンスしてデポジットしたもののはず。当然、私以外の方々が解読されたものもある程度の数はデポジットされているし、以前より増えているとはいえ、RNAseqで発現遺伝子解析して、全てデポジットした数とは思えません。

　ひとつひとつチェックしてわかったこと。まず、先のリソースに入っていた配列らは、NCBIにはひとつもデポジットされていませんでした。メタデータによるとリードが取得されたのは2014年以前のことですので、多分、やってみたけど役に立たなかった、公表につながるデータは取れなかった、と言うことでしょうか。

　つまり、私たちの仕事の新規性は変わらず。めでたし。あ〜〜〜、心臓がばくばくしました......。

　と言う一方で。2018年1月、つまりごく最近に、ある人によって、数多くのヘテロシグマ株からの複数のミトコンドリア遺伝子の配列がデポジットされています。その数、200~300、つまり私たちのデポジット数と同じぐら。これらの配列は、論文にはなっておらず、タイトルは「由来地とは一致しないヘテロシグマ遺伝子」と言うようなもの。
　......これって、この人も、私が目指していたような、「由来水域とリンクするマーカー」を探そうと、いくつものミトコンドリアが持つ既知遺伝子配列を、沢山の株から決定してみたものの、そう言う傾向がみられなかったので、得られた配列は全てデポジットした、ということでしょうか。ひょっとしたら、時間をかけて少しずつデータを貯めて来たけれども、全く同じ発想＆ちがう配列で私たちが論文を発表したので、がっかりしながら全てを公的データベースにあげたのかも。
　『がっかりしながら』、は全くの想像なのですが、自分がその立場になったら悲しい....とちょっと呆然。

　本当にその朝まで、ヘテロシグマの研究をしている限り、しばらくはコンピートはしないよね♪と呑気に構えていたのですが、冷汗を書きました。
　この話をSさんにしたところ、「いいじゃないですか、そんな風にドキドキできるの。他に同じ研究をしている人がいる、って、いいことですよ」。
　そう、確かにその通りです。面白さを共有できるって大切ですし。

　実は最近、ヘテロシグマ研究に必要な機器も情報も技術も揃って来た今となっては、研究の進め方について、もう少し前のめりにガツガツしないと嘘だよね、と思うようになっていたのですが。
　もう一段ギアを上げる時に来てるんだよね、と、実感させてくれたどっきり2件でした。
　

　

　

３月です！

　芸の無いタイトルですが　笑

　とうとう、というか、早くも、というか、2017年度最後の月です。
　すでに修士・博士発表会は終了し、来週は、毎年の恒例行事　弊所主催のシンポジウムが行われ、そろそろ来年度の新入生歓迎会の計画などもちらほら。
　気温もぐんと上がって、長かった冬が終わる実感を覚え始めました。

　新しいことを始めるには不自由なこの時期、とりあえずは閉める方向へ。ヘテロシグマのミトコンドリアゲノムの一部を読んで、由来水域との関係を見るproject、ど〜しても遺伝子増幅できない、できても配列が読めない、というのがいくつかあったのを、酵素を変えて見たり、希釈率をいじって見たり、フェノール・クロロフォルム処理を噛ませて見たり、、、、手を替え品を替え、だんだんゴールが見えてきました。
　それでも謎は残るわけですが、逆にここまで手を尽くしても残る謎って、実は、面白いことを示唆するヒントだったりして。
　何せ年度末、プライマー一本買うにも気を使う季節ですので、逆に手元に残る疑問符を一つ一つ潰していくには格好のタイミング。もう少し粘って見ます。

　その一方で、今年度始めた共同研究者から、なんだか心浮き立つ予備的結果のお話も。。。。まだまだ確認が必要な段階ではあるのですが、しかし、そう簡単にはいかないような、と覚悟していたネタですので、途中経過を伺って、わたし自身はかなりウキウキ。
　このウキウキって、悪く無いけれど、言って見ればこう言う人は脇があまい人、なわけで。これまでの経験と技術をお持ちの共同研究チームからのニュースを、楽しみに待つことにします。

　....とはいえ、年度末の色々手詰まりな、この季節に楽しみにできることがあるって、これまでにはなかったかも、というのは確か。手放しで楽しみにする＝脇が甘いんだからね、と心の中で言い聞かせる一方で、いつも気持ちの片隅に桜が咲きかけている気分でいられるのは、とてもよいもの、ありがたいことです。