先週に引き続き・・・・

　先週に引き続き、地味な実験をしながら手持ちのデータをいじくる毎日です。
　でもっ！ここで、なんだか正体がわからないトラブルで詰まってしまい・・・・・。
　いったい何が悪いのかよくわからないまま、2日が経とうとしております。
　考えても考えても、どうしてこういうトラブルが生じ得るのかがわからず・・・。

　ふえええん。
　考えてみれば、去年から始めたスクリプト修行、何かをしたいと思った時に、頑張ったけど結局できなかった・・・と諦めなければならなかったことは実は、なかったかも。
　大したことをしていないからだという話はありますが、とりあえずできるまで粘ってしまう性格なのか、あれを試したりこれを試したり、の末に「ほーら、できた！！」という結末を迎える、ということが多かった気がします。
　でも、今度のトラブルは、どうしてもなぜこういうことになるのかが、どうしてもどうしてもわからず。。。

　これは、もう、この手の話に詳しい知恵者に聞くしかない、と、とうとうさじを投げました。実にモヤモヤしますが、生兵法で時間ばかり使ってもね、というわけで、すべてのファイルをまとめてしまって、知恵者のご来訪を待つことに。それにしても、どうして？？と、う〜〜ん、気になる。

　例によって例のごとく、年度末ですので、だんだんと予算も心細くなる上に、物品購入の締めも近づいてきています。加えて解析の謎まで、とくると、身動き取れない感、毎年のことながら、ちょっとブルー。
　とはいえ、日が長くなりましたね！倉敷はまだまだ寒さが続いていますが、あと６週間で、新年度！年度切り替わりの、あの、パーっとした感じ、待ち遠しいです。
　
　

　

　

　

反省を生かして・・・

　ここ１年間、投稿中のものも含めると、うちのグループからは結構論文がでてます。

　というと、実にカッコがいいですが、この現象を正確に表現すれば、

　ここ数年間、ために溜め込んだデータをまとめ上げて、やっとのことで論文に仕上げました、

　全くニュアンスが違ってきますね（笑。

　たとえば、ミトコンドリアのゲノムを読んだ、遺伝子予測してアノテーションした、とか、これまでに蓄積したRNAseqのリードをアセンブルして、網羅的とまでは言えないまでも遺伝子配列情報が結構得られた、とか、ウイルス感染の時系列解析をしてみた、とか。
　やってみた、できた、いろいろわかった、じゃ、次、を気分よく繰り返しているうちに、ハッと気が付けば月日は経ち、目に見える形の成果が何も出せていない、という恐ろしい状態になっていたのが去年の春。
　しゃかりきに手元のデータをまとめ上げて、キチンと人様に見ていただける形にして、書き上げて、、、に忙殺されているうちに、あっという間に一年たちました。

　ツメが甘い性格って、こういうことになりがちなんですよね。お本当に恥ずかしいし、よろしくない。
　だいたい、研究活動＝研究計画立てて、必要な研究費獲得の目処もつけ、実験してデータ出して考察してを繰り返し、得られた知見をまとめて発表して、その実績を持って次の研究につなげる、と言う研究のプロとしてお給料をもらうには必須の形に持っていくには、

論文書きを後に回してちゃダメじゃん。

　と、芯から反省した一年でした。

　論文を書きはじめるには、パリッとまとめ上げた図が必要。図を作ると、それを見ながら言いたいことが後から湧いてきたりもするし。
　でも、今までの自分を振り返ると、結果を綺麗にまとめて、人に見せたくなるような図、というのは、論文を書きながら作る、あるいは、学会発表に間に合うように作る、と言うことをやっていた気が。
　特に、配列解析。
　遺伝子配列を読んで、断片でも完全長でも、FASTA形式のファイルにまで漕ぎ着けたら、やれやれ、と安心していました。

　そりゃ、それが一番コアな情報かもしれないけど、そこから得られる情報は「文字列」には終わらない、のが身にしみたインフォ修行の１年間だったりもしたわけです。
　
　もう少し、見せたくなるようなFigureマニアになろう！と思い、最近、手元にあるデータをしつこく解析しては、綺麗な図にする、と言うのに凝っています。
　・・・っていうのは簡単なのですが、こんなことがやりたい、あんな図が欲しい、と言うときに、市中に出回っているアプリケーションを使えば解決、っていうものでもないんですよね。最近一番驚いたのは、同じ種のゲノム配列をいくつも並べて、部位別にどこが似ていてどこが似ていないかを定量化する、という、たったそれだけのことをするツールが見つからなかったこと・・・・。ないわけないよね、と思って探せど自分一人で見つけられず、恐る恐る育種に詳しい同僚のアドバイスを仰ぐも、いや思ったほどぴったりなものがないですね、と言う話に。
　で、結局自分でスクリプトを書いてみました。深く深く考え込むと、完璧とは言えない点が残ってはいるのですが、ざっと解析して、可視化するぐらいならばこれで、という程度のもの。
　なのですが、それで解析してみたら、あれ？？という発見があり、ちょっとドキドキ。
　最近手元に入ってきて、う〜〜ん、どこまで使い道があるかな？と思うようなNGS解析の結果も、先の方法でしつこく解析を繰り返すことにすると、ちょっと追加の実験をすれば結構な情報が汲み取れそう。
　
　やっぱり、ツメって大事だわ・・・。と、改めて反省しつつ、こうなったら最後の一滴まで搾り取るつもりで、ねちねちねちねち、いろいろ試してみることに。
　折しも年度末、研究費も残ってないし。反省を生かして、しばらくは アタマでデータに付加価値を与える路線で行ってみます。
　
　

ひとまず『最後』の領域会議

　早いもので、公募班として後半２年間参加させていただいた新学術領域『ウイルス感染現象における宿主細胞コンピテンシーの分子基盤』も、今年3月末で終了します。
　博多でおこなわれた助成期間最後の班会議に、2月5・6日と参加してまいりました。
　今回で3回目の出席ですが、これまでと同じように、他の出席者のレベルが高いぃ・・・。　要旨集の発表論文リストをみて、ええ、２年間にこんなに？？というようなグループが多々あり。私自身は、正に末席を汚す存在でしかなかったわけですが、でも、今回は、自分でも面白いと思えるデータを発表できて、一応論文のリストも載せることができたのは、ちょっと心が安らぐ思いです。

　私自身は、公募班としていただいた研究費を使って自分のやりたいことをやって結果を出す、ということに終始すれば良いわけですが。領域を運営する先生方には、多大なご苦労がおありです。助成期間最後に開かれる、今回の領域会議の最後の領域長のコメントに、「今回の発表は、いろんな研究の進歩が見られて、やって良かったと本当に思いました」とのことでした。次も考えましょう！的コメントもされ、この分野の一隅泡沫研究者としては、ひそかに心強い。
　会議の最後に連絡されたのですが、終了後の成果取りまとめに向けて、あと一回、この領域関係のワークショップを開くとのこと。そこで、もう少しまとめ上げた成果を発表をして、少しでもポジティブな印象を残そう、と小さく決心して帰ってまいりました。

　いわゆる科研費の新学術領域、たるものに参加させていただくのは、実は今回が初めての経験だったのですが。これ、他の研究者との交流がもれなく付いてくる、と言う点が、他の種目とは大きく違います。そして、この交流って、私のように、取り扱う材料を変えて、あれ、そうなると、似た分野に興味をもつ研究者との交流がない、ネットワーク皆無・・・からやり直し、というような立場のものにとって、とてもありがたいものでした。次もどこかの領域の端っこに座れるように、情報収集に励みます。

12分の１

　なんだかんだで、あっという間に一月が終わってしまいました！2017年、早くも12分の１がgone。早いですね〜。

　この一月の間にrevisionを終え、論文を再投稿。色々と加えて、論文としてはレベルが上がったと思えるし、とにかく終えたしで、ほっとしてしまいます。先日ブラジルをお尋ねした時にお世話になった先生に提供していただいた材料を使った結果をこのreivisonに盛込めたため、共著者としてはいっていただきました。今後、共同研究にむけた研究費獲得のためにも、先に共著を出せる＝共同研究の実績が示せるというのは、なかなか幸先が良いことに思えます。

　さて、すでに2月です。あと２ヶ月たらずで新年度とは！
　日も長くなってきましたよね。とはいえ、これからしばらく寒い日が続きそうですが。。。

　新年度からは、ぜひに始めたい仕事があるのですが、実のところ、これに向けた準備が色々と必要です。面倒、しかし必須なのは、とある公的機関からある許可を受けること。そして、今後たくさん結ばなければならない可能性が高いMaterial Transfer Agreementsの準備、というか、整備。
　面倒、とはいえ、途中から法的規制に引っかかる、などの横槍が入って頓挫、などという悲しい？無様な？状態にならないように、きちんと必要な手続きは踏まなければ。

　(((正直言って面倒くさ〜〜いぃ)))　準備が必要なのですが、実は、この仕事には、極めて単純に、とってもユメを感じています。で、さらにその気分を膨らまそうと、この新しい仕事に向けてちょっとしたものを注文。ラボの居室に飾って（？）、気分を盛り上げる予定です。これは、残念ながら研究費を使うのは難しそうなので、ポケットマネーで購入。
　早く来ないかな♪と、ちょっと楽しみです。